Didžiausios masinės žudynės įvykdytos Aukštuosiuose Paneriuose (Vilniaus m.). Pušyne nuo 1941 m. liepos 22 d. iki 1944 m. liepos mėn. nužudyta apie 100 tūkst. žmonių. Nuo 1943 m. pabaigos hitlerininkai ėmė naikinti savo nusikaltimų pėdsakus – deginti lavonus.
1948 m. masinių žudynių vietoje fašizmo aukoms atminti pastatytas obeliskas. 1959 m. kraštotyrininkų iniciatyva įrengta ekspozicija, davusi pradžią muziejui. 1992 m. atidengtas paminklas žuvusiems lietuviams atminti. 1999 m. pastatytas trečias paminklinis akmuo 1944 m. nužudytų žydų gydytojų atminimui. Panerių memorialas yra Valstybinio Vilniaus Gaono žydų muziejaus padalinys.
