Ilgiausiai mokslų akademijos prezidentu – per 38 m. – buvo akademikas Juozas Matulis (1899–1993). Pirmą kartą prezidentu išrinktas 1946 m. vasario 20–23 d. sovietinės Lietuvos mokslų akademijos visuotinio susirinkimo sesijoje. Vėliau buvo perrenkamas iki 1984 m. birželio 26 d.